正確施肥是奪取食用菌高產、改善食用菌品質的重要措施，施肥的作用是補充和調整營養成分，為食用菌的持續高產創造有利的條件。食用菌的施肥可分為培養料施肥及出菇后營養液施肥兩方面。
一、培養料施肥
如今很多棉籽殼吃水量很低，營養缺乏，如不另外添加營養則很難提高產量，這就是目前很多菇農反映產量大不如以前的原因。培養料中的施肥應以有機肥為主，化肥的使用量可相對少一些。有機肥的營養全面，能為食用菌菌絲的生長提供全方位的營養供應，特別在出菇后期，這一點表現尤為突出，化肥的成分是容易被菌絲吸收利用的物質，可與有機肥配合施用。食用菌經常施用的有機肥有畜禽糞、豆餅、棉餅、玉米面、麩皮、米糠等，根據原料的含氮量高低，可加入10%～30%不等。化肥一般有磷酸二氫鉀、硫酸鎂、尿素、復合肥、食用菌專用肥等，加入量一般為0.1%～0.5%，不能加入太大，否則會導致菌絲生長不良。
二、出菇后營養液施肥
在食用菌出菇后期，培養料的營養已不能為食用菌菌絲的生長提供全方位的營養供應，菇農往往會采取各種手段添加營養液補充營養。
食用菌營養液的添加通常有3種方法：噴施、浸泡和灌穴。噴施營養液的時間以子實體大量出現時為宜。噴施時應注意噴頭不要正對著子實體，同時還要注意“四不噴”：
1. 幼小菇蕾不噴，以免其“腫死”。
2. 剛采過菇或有菇殘體處不噴，以免引起細菌性病害。
3. 空氣濕度過大時不噴。
4. 菇棚內病蟲害嚴重時不噴。浸泡法主要用于袋栽的食用菌。在采收完1～2茬菇后，若栽培袋呈嚴重缺水狀態，可將其放在配好的營養液中浸泡，直到其恢復或接近原重量時為止。灌穴法主要在菌床上使用，當菌床出菇較多、水分及養分消耗過大時可采用此法。具體方法是：將菌床按10厘米的穴距打眼，向菌床上漫灌配制好的營養液，添加完營養液后覆土。
三、食用菌施肥應注意的問題
第一是針對不同的品種采取不同的施肥方法，方法施用不當，效果會適得其反；第二是在施肥過程中，各種肥料應交替使用，對于某些營養成分較單純的無機肥料來講，這一點尤其重要；第三是肥料施用應適當，切勿一次施用過多，或肥液濃度過大，以免對菌絲的生長造成不利影響。常用的營養液濃度為：尿素0.3%～0.5%、磷酸二氫鉀0.2%等，一定要把握好“少而勤”的原則；第四是各種肥液應現配現用，不可久放，以免肥液變質。
